↓3.42の画面

↓ 3.5の画面

3.5では、wp-config.phpに以下の記述を追加すれば指定されます。

define('UPLOADS', 'uploads');

右側の「uploads」のところを、指定したいフォルダ名に変更します。指定したフォルダはWPのインストールディレクトリ内に設置されますので、たとえばwp-content内のimgフォルダに指定したい場合は、

define('UPLOADS', 'wp-content/img');

のようにします。相変わらずメディア設定には入力欄は表示されませんが、ファイルをアップするとちゃんと指定先にアップされているのを確認しました。

参考：WordPress › フォーラム » 「アップロードするファイルの保存場所」

注）3.5以前でフォルダを設定済みのWPを3.5にアップグレードした場合は、設定画面がそのまま表示されます。